Statsforvalterens oppdrag er å vurdere om oppdrettsanlegget kan komme i konflikt med regionale og nasjonale interesser. Konflikter knyttet til friluftsliv, naturvern, vilt og fiskeinteresser står sentralt i Statsforvalterens vurdering. Et vilkår for å få tillatelse til å drive fiskeoppdrett, er at det også blir gitt utslippstillatelse etter forurensningsloven. Det er Statsforvalteren som gir slike utslippstillatelser. Det blir også stilt krav til avfallshåndtering og kjemikaliebruk.
Fylkeskommunen har tildelingsmyndigheten og koordineringsansvaret for søknader om akvakulturtillatelser. Fylkeskommunen tar den endelige beslutningen, og gir tillatelse til å drive fiskeoppdrett.