Statsforvaltaren har oppgåver knytt til forvaltning av ei rekkje tilskotsordningar innan jord- og skogbruk. Innan jordbruk er dei viktigaste ordningane produksjonstilskot, avløysartilskot og regionale miljøtilskot. Innan skogbruk er tilskot til nærings- og miljøtiltak i skogbruket blant dei største tilskotsordningane.
Det er kommunane som er førsteinstans for dei fleste tilskotsordningane. Kommunane informerer brukarane, behandlar søknader og gjennomfører stikkprøvekontrollar ved gardsbruka. Statsforvaltaren er koordinator og rådgivar overfor kommunane.
Statsforvaltaren rettleier kommunane om tilskotsordningane og er klageinstans for kommunens vedtak. Statsforvaltaren gir eventuelle dispensasjonar, og då er det Landbruksdirektoratet som er klageinstans. Statsforvaltaren skal dessutan gjennomføre forvaltningskontrollar hos kommunane og føretakskontrollar på enkeltbruk. Det blir utarbeidd ein plan for denne kontrollverksemda kvart år.
Utredings- og tilrettelegginsmidler (UTM, tidligare kalla BU-midlar) vert sett av i dei årlege forhandlingane om jordbruksavtalen. Dei skal nyttast til å leggja til rette for langsiktig og lønnsam verdiskaping. UTM er berre retta mot utviklingsprosjekt og ikkje mot konkrete investeringstiltak. Nytt frå 2014 er at midlane til Handlingsplan for økologisk produksjon og forbruk er lagt inn under denne ordninga.